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當ThruPLEX技術(shù)遇上FFPE樣本,會帶來怎樣的“*操作”!

更新時間:2020-10-12 點擊次數(shù):1677

 

 


Formalin Fixed and Paraffin Embedded

FFPE樣本作為生物和醫(yī)學領(lǐng)域的重要樣本來源,廣受研究者的青睞。由于樣本固定和儲存過程中,容易發(fā)生核酸的降解和損傷,因此獲得符合測序質(zhì)量要求的文庫通常很具有挑戰(zhàn)性。那么面對做DNA-Seq的FFPE樣本,應(yīng)該如何應(yīng)對呢?

“想要隨心所欲的進行FFPE-DNA樣本文庫構(gòu)建”,
這個神器值得擁有
?
【SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit】

“飛一般感覺”的操作

FFPE樣本珍貴,擔心在文庫制備時損失?選擇它吧。

該試劑盒利用ThruPLEX技術(shù),通過使用特殊的莖環(huán)形接頭,實現(xiàn)了更加簡潔高效的實驗流程和更短時間的手動操作。從起始DNA樣本到可用于上機測序的文庫僅需要三步2小時的操作。特別需要說明的是,整個操作是在一個反應(yīng)管中即可完成,中間不需要純化,能很大程度的減少樣本的污染和損失!

技術(shù)概要:

(圖片來源于Takara Bio Inc.)

“*”的文庫質(zhì)量

FFPE樣本降解嚴重,害怕不能得到高質(zhì)量文庫?選擇它吧。

Takara嚴謹?shù)臄?shù)據(jù)評測:使用100 ng的FFPE-DNA樣品,分別使用本試劑盒、A公司試劑盒和B公司試劑盒制備文庫,然后使用Illumina NextSeq 500(2×76bp)測序分析。相比于其他公司試劑盒,以FFPE樣品起始時,使用本試劑盒可以獲得多樣性更好的文庫。另外,使用本試劑盒制備的文庫,在不同GC含量范圍內(nèi)可以產(chǎn)生更均勻的覆蓋分布。

(數(shù)據(jù)來源于Takara Bio Inc.)

“經(jīng)得起檢驗”-文獻引用加持

說得好不如做得好,應(yīng)用文獻的真實反饋可供參考,選擇它吧。

2018年7月20日發(fā)表在《npj Genomic Medicine》題為Recurrent loss of heterozygosity correlates with clinical outcome in pancreatic neuroendocrine cancer的文章。本研究利用全基因組測序技術(shù)(WGS)分析了胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌瘤的拷貝數(shù)變異情況,結(jié)果表明,胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的染色體雜合性的缺失與臨床預(yù)后相關(guān)。實驗以3-50 ng的微量FFPE-DNA樣本起始,使用ThruPLEX-FD Kit(現(xiàn)為ThruPLEX DNA-Seq Kit)制備文庫,并通過WGS與微陣列結(jié)果來驗證拷貝數(shù)變異(CNV)。

以上內(nèi)容都佐證了以降解樣本起始時,使用該試劑盒可以得到高品質(zhì)的文庫!

所以,恰好您要用FFPE樣本進行基因組分析,恰好我有SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit。世間好物雖多,但它值得嘗試!

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